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はい、日本語の音が簡単なことによる問題はあります。その最大のものは同音異義語(同じ音で意味が違う単語)が世界一多いことです。たとえば「コウショウ」とパソコンかスマホでうって変換をかけたら何十個も候補が出てきます。そのため日本語は文脈で推測したり、目視で漢字を見たりしないと、正確に意味が分からない言語になってしまっています。
この音の衝突が致命的な場合は、言い変えて運用で回避している場合もあります。たとえば歯医者が抜糸(バッシ)を抜歯(バッシ)と間違えたら患者の健康な歯を抜いてしまうという致命的な結果となるため、抜糸(バツイト)と読むような例があげられます。ほかにも私立(シリツ)と市立(イチリツ)などが有名どころです。